Com o término da Terceira Guerra Mundial Ninja, as cinco grandes Vilas Ocultas sofreram inúmeras perdas bélicas. Tanto ninjas, quanto plebeus que nada tinham relacionado com as intrigas políticas por causa de fronteiras, foram sacrificados em prol de nada.
Konohagakure e Iwagakure batalharam através de Kusagakure após a última ter sido invadida para cercar o País do Fogo. Isso acarretou em deixar os países a favor de Konoha, visto que a Ponte Kannabi foi destruída. Iwagakure ainda permanece com inimizade a Konohagakure, embora um acordo de paz tenha sido feito.
Demais vilas se encontram desconfiadas uma das outras, sendo talvez Iwagakure uma das mais prejudicadas por ser deixada isolada. Essa falta de interação a deixou com poucos contratos para reerguer sua economia e poder militar. Kirigakure mudou sua forma de ensino aos ninjas, embora ainda permaneça sendo a mais radical entre as demais vilas. Sunagakure também sofreu muito em seu poder econômico, porque suas principais rotas de exportação e importação eram com Konoha e Iwa.
Por isso tudo, a guerra afetou todos os países e travou um destino diferente a todos ao traumatizar tantas vidas. Muitos shinobis de hoje que presenciaram algo daquela época, tem o objetivo de se vingarem das aldeias inimigas. Quiçá essa guerra seja a causa do nascimento da Akatsuki — organização que tem o objetivo primário de capturar todos os bijuus.
Os bijuus foram há muito tempo divididos de maneira quase balanceada entre as vilas e, embora não tenham sido usadas durante a guerra, permanecem como símbolos de poder para que ninguém ouse atacá-las; todavia, são a causa para organizações como a Akatsuki invadir.
No presente, nenhum grande conflito é aguardado, pois ninguém se encontra em uma situação muito vantajosa e preparada para outra guerra ninja. Entretanto, Iwagakure e Sunagakure precisam se esforçar imensamente para não caírem de vez em seu enfraquecimento. Kirigakure ainda é severa demais com aqueles que falham em missões, o que proporciona uma estimativa de vida pequena aos seus ninjas, assim como a ingressão de crianças nas academias, pois sentem medo. Tanto Kumogakure, quanto Konohagakure não se encontram em um estado tão deplorável quanto às demais vilas, mas ainda carecem de proteções suficientes para conter uma invasão combinada das outras vilas, caso elas se unam.